Шаблоны xCode лежат в папках:
/Developer/Library/Xcode/Project Templates/ - для Mac OS X проектов
/Developer/Platforms/iPhoneOS.platform/Developer/Library/Xcode/Project Templates/ - для iOS проектов
Для создания нового шаблона идем в нужную папку шаблонов и делаем копию папки наиболее близкого шаблона, и называем эту копию так, как хотим чтоб назывался новый шаблон.

Эта папка состоит из одного или нескольких проектов xCode и файла с правилами выбора проекта из этого списка (TemplateChooser.plist).

Несколько проектов в шаблоне из-за того, что при выборе шаблона в xCode можно ввести дополнительные возможности при создании проекта (будь то добавление CoreData сервисов, поддержку iPad устройства, или создание универсального проекта), и для всех этих возможностей нужно создавать отдельный проект. В стандартных шаблонах имена довольно понятны, чтоб понять какую функциональность добавляет каждый проект. Их то нужно править.
Открываем проект в xCode. И делаем с ним все что пожелаем: добавляем классы, ресурсы, plist-ы. При добавлении файлов свойство "Path type" выставляйте в "Relative to Enclosing Group".

После перезагрузки xCode при создании нового проекта появиться созданный шаблон

Если вы компилировали проект шаблона, не забудьте удалить папку "build" из проекта шаблона.
В этой статье ничуть не затронут файл TemplateChooser.plist, трогаем во второй части.